格式转换：bed to bigwig

这是一个小笔记，如何把bed直接转成bw(bigwig)文件。思路有很多，讲其中一种思路：
1：首先把bed文件转成bedgraph文件

bedtools genomecov -i a.bed -g /asnas/xuchh_group/liulinli/Database/hg38/hg38.chrom.sizes.bed -bg > CTCF2_q10.pair.bam.chr_start_end.bedgraph

(这里a.log就是需要转换的bed文件,-g 是输入基因组染色体大小的文件)
这里得到的bedgraph的格式：
chr start end value
然后得到的bedgraph文件，可以接着用bedgraphtobigwig命令转换：
bigwig其实是bedgraph的二进制文件。然后就可以做后续的分析啦：

bedGraphToBigWig CTCF2_q10.pair.bam.chr_start_end.bedgraph /asnas/xuchh_group/liulinli/Database/hg38/hg38.chrom.sizes.bed >  CTCF2_q10.pair.bw

Ref:
1:https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html
2:https://cloud.tencent.com/developer/article/1455755