关于大学堂的创办理念，父亲曾说过他的教育理念就是“三个结合”。首先要培养学生“文武结合”。这里的学生不仅要学文，还要习武。父亲年轻时是从浙江省国术馆毕业的高才生，还担任过军校的武术教官，一生练武不辍。习武可以强健体魄，但习武先习德，习武者必须将练武和学文结合起来，德武兼修，这样培养出来的人才能对社会有更大的贡献。第二个结合是“古今合一”。学生不仅要学习现代的知识，还要继承中国古代的文化精神，为将来做一个真正博古通今的人打下良好的基础。如果只学习现代知识，就会忘记自己民族的文化。实际上，一个人现代知识掌握得越丰富，与古代文化的断层就越厉害，父亲对这一现象有着十分清楚的认识。因此，他要求大学堂的学生做到“古今合一”。第三个结合是“中外结合”。大学堂的学生不能只关注自己民族的文化，还要扩大眼界，学习国外的先进文化，做到古今中外的圆融并通，而不能有所偏废。这三个结合，是父亲对大学堂培养人才的要求。
太湖大学堂落成之后，父亲和工作人员根据大学堂的教育方式和学生的具体情况，结合当代社会的特征，制定了全新的运作模式。大学堂不同于一般的私人学院，它是开放性、合作性的，主动与中外大学或文化团体签约，基于特定主题进行合作，并制订特定人才的培养计划。合作单位包括中国人民大学、法国国立东方语言法圆即立束方嘉言舆文化琴院与文化学院、中国科学技术大学、中国科攀技带大婴（中国科攀院递罐化攀复旦大学等一长串名单。大学堂致力于传统文化在新时代的重新诠释与发扬，倡导加强基础教育与社会教育，以培养能够从事各领域工作的“通才”，而不是只培养某一职业的专工。此外，大学堂还着力推太湖大学堂合作机构动中西人文、科技的融会贯通。最后，大学堂虽有禅学等方面的课程，但并不举办宗教性活动，其推行宗教文化的重点在于学术及实证，而不是简单地进行宗教文化的普及。
父亲开办大学堂，主要是为了弘扬传统文化，尤其是其中身心性命科学的部分。最后几年在大学堂的授课，他始终坚持围绕这个主旨来说佛法、佛学，探索发扬他所理解的传统文化精髓。
太湖大学堂竣工后，二OO六年七月一日至七日，父亲在这个梦想成真之所举办了他在大学堂的首次演讲。开讲当天，来自世界各地的文化人士齐集太湖之滨，听父亲讲解禅修与生命科学。讲解中他把生命哲学与禅宗修行结合起来，把中国古代和现代的学术变迁结合起来，详细论述了生命的终极价值。开课之际，父亲说：“区区一条人间铁路算什么。现在这个地方，我想修一条‘人道之路’开始的基地，再启动一下。”他接着引用两句诗句表明了初衷：“百花落尽啼无尽，更向乱峰深处啼。”他说：“传统文化的时代已经过去了，可是这个时代又很想挽回传统文化，所以要在庙港这个地方搞这个太湖大学堂。”
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