BUSCO v3版本的安装教程

这篇专为南农张峰老师组的系统发育基因组学的PLWS pipeline而出一个特定busco v3.0.1版本安装教程

manual： https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html

安装很简单，该版本需要python2.7的环境

wget -c https://gitlab.com/ezlab/busco/-/archive/3.0.2/busco-3.0.2.tar.gz
tar zxvf busco-3.0.2.tar.gz
cd busco-3.0.2
source /public5/soft/modules/module.sh
module load anaconda
source activate py27

python setup.py install --user
python scripts/run_BUSCO.py -h

但并不是像这样简单安装好就能使用，还需配置August、hmmer、blast等

# ============ 下载依赖的工具 ============
# 下载Augustus, 3.4.0版本
wget -c http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus.current.tar.gz
# 下载HMMER，3.3.2版本
wget -c http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz -O hmmer.tar.gz
cd hmmer-3.3.2/
./configure --prefix=/public5/home/sch6863/software/hmmer-3.3.2
make
make check
make install
# 下载 blast， 2.13.0版本
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

#手动下载busco数据库https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/
wget https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/hemiptera_odb10.2020-08-05.tar.gz

##为环境避免冲突，临时配置依赖包环境等，放到env.sh中而不是bashrc## 
export BUSCO_CONFIG_FILE=/public5/home/sch6863/software/busco-3.0.2/config/config.ini
export PATH=/public5/home/sch6863/software/augustus-3.4.0/bin:$PATH
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/public5/home/sch6863/software/augustus-3.4.0/config

##注意：跑run_BUSCO.py之前先运行以下脚本！！！
bash ~/software/busco-3.0.2/env.sh