NC | mOTUs2分析微生物丰度、活力和群落基因组

作者: 胡童远 | 来源:发表于2020-12-28 14:54 被阅读0次

文献信息：
标题：Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2
中文：mOTUs2分析微生物丰度、活力和群落基因组
杂志：Nature Communication
单位：德国海德堡欧洲分子生物学实验室

摘要：

宏基因组测序极大地提高了我们描述环境和宿主相关微生物群落组成的能力。然而，大多数方法依赖参考基因组，这是目前无法为很大一部分微生物物种，引入估计偏差。我们提出了一种基于通用(即参考无关)、系统发育标记基因(MG)为基础的操作分类单元(mOTUs)的更新和功能扩展工具，能够对>7700种微生物进行分析。基于mOTUs的相对丰度估算方法比其他方法更准确，因为有超过30%的相对丰度无法在此分类分辨率下被量化。作为一个新的特征，我们发现mOTUs是基于必需的管家基因，可以很好地量化群落成员的基础转录活性。此外，使用mOTUs估计的单核苷酸变异谱反映了全基因组的变异，这允许比较微生物菌株种群(例如，跨不同人体部位)。

软件地址：https://motu-tool.org/
Github地址：https://github.com/motu-tool/mOTUs_v2