文献信息：标题：Microbial abundance, activity and population geno...[作者空间]
现在手里有一批NGS测序，经初步比对，95%的序列是细菌，比对到人的特别低，因为建库的时候没有做去rRNA处理，导...[作者空间]
文献信息： 标题：Large-Scale Metagenome Assembly Reveals Novel An...[作者空间]
今天的主要内容是实现下面这幅图 做完聚类分析通常可以选择树形图来展示聚类分析的结果，之前公众号也分享过一篇文章 。...[作者空间]
背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaff...[作者空间]
导读 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network ...[作者空间]
导读 HUMAnN（全称HMP Unified Metabolic Analysis Network）最早由Cur...[作者空间]
导读 上一篇介绍了MetaPhlAn：宏基因组微生物分类分析教程[https://www.jianshu.com/...[作者空间]
导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，...[作者空间]
导读 1. 宏转录组概念： 宏转录组测序是对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序，直接获...[作者空间]
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了...[作者空间]
1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download...[作者空间]
本文转自：生信者言 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做...[作者空间]
手动安装MetaWRAP 依赖软件安装--apt安装 需要手动安装的软件 安装完后，添加maxbin和quast软...[作者空间]
maxbin https://downloads.jbei.org/data/microbial_communit...[作者空间]
Salmon安装[作者空间]
http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtmlhtt...[作者空间]
宏基因组的数据文件很大，难以用个人电脑完成分析，用Seqtk软抽取少量序列进行分析，以达到管中窥豹的目的 安装 使...[作者空间]
