转基因小鼠
转基因小鼠一般用作基因的过表达研究，根据制备策略不同，分为随机转基因和定点转基因。随机转基因是将过表达载体注射到受精卵中，表达载体以随机方式插入基因组，首建鼠整合位点不确定，拷贝数随机，可能导致有的发生表达沉默，因此需要使用不同首建鼠分别传代，进行建系，最终筛出可以稳定表达的品系用于后续实验。定点转基因是将基因表达载体插入到基因组特定位点，如Rosa26或H11位点，该类位置是转录活跃区域，且不会破坏小鼠内源基因，与随机转基因相比，优势是遗传特性稳定，表达确定。
基因敲除小鼠
传统策略是通过同源重组的方式，用Neo基因替换关键外显子实现敲除目的基因，其周期长，费用高。CRISPR/Cas9技术出现后，加速了基因敲除鼠的制备，并且降低了成本，只要在关键外显子两端设计两条gRNA，就可以直接删除关键外显子，使基因发生移码突变，进而造成基因敲除的效果。
条件性敲除小鼠
当目的基因敲除致死时，只能选择条件性基因敲除，需要使用Cre-loxp系统。常规做法是在要敲除的区域两侧插入loxp位点，进而得到floxed （flanked by loxp sites）小鼠，而后再与组织特异或诱导型Cre阳性小鼠交配，在Cre酶的作用下，两个loxp之间的关键外显子被删除，造成基因移码突变，可以实现在特异的组织中敲除目的基因。
点突变小鼠
某些临床疾病是因为基因编码区的非同义单碱基突变引起，这时可以在小鼠的同源基因相应位点进行模拟。CRISPR/Cas9系统切割基因组目的位点的同时，提供含有目的突变的单链修复模板，则能够有效地建立点突变小鼠。
基因敲入小鼠
CRISPR/Cas9系统切割目的基因的同时，提供外源DNA载体，能够在目的基因位点敲入其他外源基因或元件，如南模生物自研的免疫检查点PD1，PDL1，CTLA4等人源化小鼠，都是通过CRISPR/Cas9技术，将小鼠基因替换成人源基因。为实现基因表达示踪，对各类荧光蛋白、荧光素酶及蛋白标签等元件的插入也可以用CRISPR/Cas9技术来实现。
番外
好的研究往往会使用到不同类型的【基因修饰小鼠】，同时会构建多个品系（CNS文章动辄就会使用到十几个到几十个品系），因此对众多品系的繁育问题就成为一个大工程。更令人头疼的是不同类型的【基因修饰小鼠】往往需要用到不同的繁育策略，在最大限度节约时间及金钱成本的同时，如何快速繁育出符合数量及质量双重实验要求的小鼠，已经成为一门大学问。
以条件性敲除小鼠繁育为例，其中涉及到多种基因型的小鼠，哪些小鼠是基础鼠，哪些是中间鼠，哪些是目标鼠，其中目标鼠中哪些是实验组鼠，而哪些又是对照组鼠呢？
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