下载miniconda--“linux中可以下载生信软件的应用商店”

1.输入“ uname -a”查看服务器是多少位的

2.百度搜索“miniconda 清华”，进入网站，找到最新版本复制下载链接

3.输入“cd ~/biosoft”进入昨天建好的biosoft目录，输入“wget 链接”将软件下载到这个链接里面
（「for Windows」选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴）

安装miniconda

1.输入“bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”进行安装（让enter就enter，让yes就yes）

2.输入“source ~/.bashrc”来激活conda

3.输入“conda”出现满屏信息说明安装完成
这个过程，由于我没有理解命令的意思而没能操作成功，以为~和/.bashrc选一个输进去就可以了，其实是全部要输完整；另外输完以后再敲conda才能看见满屏的信息。

4.添加镜像：把下面的代码全部复制到命令行
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
一开始忘记这部操作了，以至于后面不能顺利进行

使用conda

1.输入“conda list”，查看当前服务器上安装的所有软件列表

2.输入“conda search fastqc”搜索软件（这里以数据质控fastqc为例）

3.输入“conda install fastqc -y”，安装软件

4.输入“conda remove fastqc -y”，卸载软件

查看conda环境

1.输入“conda info --envs”查看当前conda有那些环境

2.新建：输入“conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y”（建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3）

3.输入“conda info --envs”再次查看一下conda环境

4.输入“conda deactivate ”退出当前环境