第一步：用conda 安装 SRA-tools
conda install sra-tools
第二步 建立文件夹 存储数据
第三步 数据下载
方法一： fast-dump 下载
nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR******* &
nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR******* &
nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR******* &
写成一个.sh shell脚本 然后 bash一下即可以了。
方法二：prefetch下载 （也是sratools的一个软件）
先要在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 下载下来一个SRR_Acc_List.txt
然后 用 nohup prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt & 放后台下载
从GEO下载数据 下载地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.c...
第一步：用conda 安装 SRA-tools conda install sra-tools 第二步 建立文件夹...
一、读文章获取下载数据 1、读文章 一般我都从NCBI上面下载文章，找到数据号 2、下载数据 进入NCBI的GEO...
进入NCBI官网后选择GEO，输入GSE183976，进入数据下载页面。 https://www.ncbi.nlm...
一、下载数据 GSE111229 ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/...
在ncbi找nanopore三代数据的时候，首先熟悉一下ncbi数据的整理的规则。参考网址：GEO数据库下载 - ...
GEO数据库网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo[http://www.ncbi....
数据 1. 数据来源 GEO下载肠癌的单细胞数据，GSE132465（https://www.ncbi.nlm.n...
数据下载两种方式 打开链接，下载id ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/que...
从ncbi下载数据，GEO-GEO号/SRA-SRA号/SRA-SRP号，找到最终的SRP号，在搜索界面send ...
本文标题：下载NCBI GEO 数据的方法
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/paswdqtx.html
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