今天在论坛学习TCGA-RNA seq的处理,看见这样一道题,
生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来
想起当时R语言不熟练,根本不敢去看,今天尝试解决一下,原来如此简单。
这也是一个收集教案的过程,以后在课上的例子会生动需对,这一道题可以用来讲解for循环。
下载数据,解压到GSE48213_RAW,list.files用于列出文件夹下所包含的文件名
inner_join和merge函数一样
library(dplyr)
nameList <- list.files("GSE48213_RAW/")
matrix <- read.table(paste0("GSE48213_RAW/",nameList[1]),header = T)
for (i in 2:length(nameList)){
matrix <- inner_join(matrix,
read.table(paste0("GSE48213_RAW/",nameList[i]),header = T),
by="EnsEMBL_Gene_ID")
}
save(matrix,file = "56_cell_expression.Rda")
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