JBrowser基因组浏览器的安装与配置

简介

JBrowser 是一款强大的具有很高易用性的基因组浏览器，与UCSC Genome Browser 有着类似的功能。但相对于UCSC Genome Browser的配置，JBrowser的配置更加简便，对硬件的需求低，对数据库也没有要求。JBrowser是基于Javascript和HTML5构建的，对浏览器的兼容性好。UCSC Genome Browser目前只对一些重要的物种提供数据，而对新测序的物种没有相应的支持，而JBrowser则可以自主定制个性化的数据；

下载并安装JBrowser

直接去JBrowser的官网下载相应的版本，并解压后进行安装配置
官网网址：http://jbrowse.org/

image.png 点击进入下载页面，选择相应的版本进行下载 image.png

# 需要提前在服务器上配置好Apache服务
cd /var/www/html/
# 下载最新版的JBrowser
wget https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.4-release/JBrowse-1.16.4.zip
# 解压并配置安装
unzip JBrowse-1.16.4.zip && cd JBrowse-1.16.4/
# 配置JBrowser，可能需要较长时间
./setup.sh

配置成功后会产生以下信息，生成示例数据Volvox和Yeast的基因组信息。

Gathering system information ...done.
NOTE: Legacy scripts wig-to-json.pl and bam-to-json.pl have been removed from setup. Their functionality has been superseded by add-bam-track.pl and add-bw-track.pl. If you require the old versions, please use JBrowse 1.12.3 or earlier.
Minimal release, skipping node and Webpack build
Installing Perl prerequisites ...done.

Formatting Volvox example data ...done.
To see the volvox example data, browse to http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/volvox.

Formatting Yeast example data ...done.
To see the yeast example data, browse to http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/yeast.

查看示例数据信息

打开网页浏览器，输入服务器对应的ip地址和文件路径即可查看示例数据的展示信息，选择不同的track可以展示不同的基因组信息。
http://your.ip.address/JBrowse-1.16.4/index.html?data=sample_data/json/volvox

image.png