step1：conda创建vep环境，安装vep
conda create -n vep #创建环境
conda install -c bioconda ensembl-vep -y #安装vep
conda activate vep #激活vep环境
step2：安装完vep，可以使用其他功能，但是在用gff文件作为注释源的时候，发现少了perl模块Bio::DB::HTS::Tabix，这时我们也可以使用conda来安装这个模块
conda install -c bioconda perl-bio-db-hts
step3:安装完这个库之后，在注释的时候，发现提示我另一个库的调用是有问题的，我猜测是版本问题，所以修改了我的环境变量，将vep下的perlib作为perl的唯一模块库，避免调用之前安装的库，导致版本冲突
image.png
step4：修改gff注释文件，使其满足vep的注释格式要求（sort by chrome and index it）
grep -v "#" data.gff | sort -k1,1 -k4,4n -k5,5n -t$'\t' | bgzip -c > data.gff.gz
tabix -p gff data.gff.gz
./vep -i input.vcf --gff data.gff.gz --fasta genome.fa.gz
这样就完成了。
注：有时候会遇到无法识别的基因feature type，比如miRNA，他会报错，这时候，将gff文件中的这一类型删除就可以，再重复step4，新做一个gff文件
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