annovar：使用gff文件自建数据库注释

1、gff文件转换
gffread：将gff文件转换为gtf
gtfToGenePred：将gtf转换为GenePred
gtfToGenePred下载地址：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

gffread NIP.gff -T -o NIP.gtf
./gtfToGenePred -genePredExt NIP.gtf NIP_refGene.txt
cd path/annovar_input   
perl path/annovar/retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile NIP.fa NIP_refGene.txt --out NIP_refGeneMrna.fa

得到关键文件NIP_refGene.txt和NIP_refGeneMrna.fa，其中NIP很关键
2、注释

perl path/annovar/table_annovar.pl xxx.vcf path/annovar_input -buildver NIP -out out_prefix -protocol refGene -operation g -vcfinput
## annovar自建数据库路径下存储keyword_refGene.txt、keyword_refGeneMrna.fa，作为annovar input，并以keyword识别

annovar接受vcf文件作为输入，与-vcfinput 搭配使用
-protocol refGene -operation g ：注释基因
-protocol refGene,cytoBard,dbnsfp30a -operation g,r,f : -protocol 参数和-operation 参数搭配使用

https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/8145039.html
https://www.baishujun.com/archives/7476.html