gff和gtf相互转换

作者: 纵纵纵小鸮 | 来源:发表于2022-08-02 15:26 被阅读0次

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gtf和gff转换的方法
gff格式与gtf格式转换——gffread

使用gffread

#gff2gtf

gffread my.gff3 -T -o my.gtf

#gtf2gff

gffread merged.gtf -o- > merged.gff3

当原gff文件中exon和CDS不重叠，或没有exon信息时，如果我们想要得到完整的exon信息，需加一个--force-exons参数，这个参数官方解释是：make sure that the lowest level GFF features are considered "exon" features，确保所有的UTR或exon都有exon形式记录。

参考：https://www.jianshu.com/p/48b5a0972301

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