ggplot2|ggpubr配对箱线图绘制与配对检验

在日常研究中，我们会碰到配对资料，例如同一病人治疗前后的变化，同一病人癌组织和癌旁组织基因表达，类似于等等都需要配对资料。对于这类数据的展示通常使用配对点图来可视化，这里我们演示配对箱线散点图的绘制。

绘图数据结构包括三列，一列是表达量，一列是分组，还有一列是样本ID。

这里我们用两种方法实现配对的做法，并对数据进行显著性检验。

一、ggplot2---代码有注释

setwd("F:/生物信息学/配对箱线图")
df <- read.csv("mybox.csv",header = T)
library(ggplot2)
library(forcats)
df$group <- as.factor(df$group)
df$group <- fct_inorder(df$group)

ggplot(df, aes(x = group, y = gene.expression)) +
  geom_boxplot(aes(fill = group), show.legend = F, width = 0.6) +  #箱线图
  scale_fill_manual(values = c('#00AFBB', '#E7B800')) +  #设置颜色
  geom_point(size = 3,color='red') + 
  geom_point(size = 3,shape=21) +  #绘制散点
  geom_line(aes(group = sample), color = 'gray', lwd = 0.5) +  #配对样本间连线
  theme(panel.grid = element_blank(), 
        axis.line = element_line(colour = 'black', size = 1), 
        panel.background = element_blank(), 
        plot.title = element_text(size = 15, hjust = 0.5), 
        plot.subtitle = element_text(size = 15, hjust = 0.5), 
        axis.text = element_text(size = 15, color = 'black'), 
        axis.title = element_text(size = 15, color = 'black')) +
  labs(x = '', y = 'gene.expression', title = 'Cancer vs Control')+
  stat_compare_means(method = "t.test",paired = TRUE, comparisons=list(c("cancer", "control")))#配对t检验

二、ggpubr---代码有注释

library(ggpubr)
ggpaired(df, x="group", y="gene.expression", fill="group",id = "sample",
         add="jitter",line.color = "gray", line.size = 0.5,
         palette=c('#00AFBB', '#E7B800'),
         xlab=" ", 
         ylab="gene.expression", title = "Cancer vs Control",
         legend.title=" ",show.legend = F) + 
  stat_compare_means(method = "t.test",paired = TRUE, comparisons=list(c("cancer", "control"))) +#配对t检验
  theme(legend.position = 'none')#去掉legend

两种方法得到的结果一样，但是个人认为ggpubr较ggplot2使用方便，因为不用调节太多东西，ggpaired函数就是专门做配对箱线图的！想获取示例数据的请至《KS科研分享与服务》公众号打赏截图联系作者！