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patchwork--快速掌握科研论文图片排版

patchwork--快速掌握科研论文图片排版

作者: jamesjin63 | 来源:发表于2022-05-31 09:01 被阅读0次

    在发表论文时候,经常会看到高大上的图片排列及绘制。通常我们用软件(spss+excel等)绘制好图片,都是单个figure。有时候很有必要将这些图片进行组合。一般都是PPT或者PS进行

    当然,R语言ggplot可绘制精美的图片,但是在组合多个图片时候,往往会出现bug或者繁琐。
    那么今天,本内容就来介绍,如何在R里面,利用patchwork 包对多个图片进行自由组合。

    我们主要介绍patchwork

    这里我特别喜欢patchwork的自动对每个图进行标识 ABC或(罗马字母)。

    patchwork

    我们直接案例展示,大家可以直接看效果:

    image.png

    案例展示

    我们先准备3张图,根据mtcar数据,利用ggplot画3张图。如下

    # install.packages("devtools")
    devtools::install_github("thomasp85/patchwork")
    
    # load package
    library(tidyverse)
    library(patchwork)
    ## vs转成 分类变量
    mtcars=mtcars %>% mutate(vs=factor(vs))
    
    ## 散点图
    p1 <- ggplot(mtcars) + 
      geom_point(aes(mpg, disp,color=vs)) + 
      ggtitle('Plot 1')
    
    ## 箱图
    p2 <- ggplot(mtcars) + 
      geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear)) + 
      ggtitle('Plot 2')
    
    ## 散点图
    p3 <- ggplot(mtcars) + 
      geom_point(aes(hp, wt, colour = mpg)) + 
      ggtitle('Plot 3')
    
    ## 柱状图
    p4 <- ggplot(mtcars) + 
      geom_bar(aes(gear,fill=vs)) + 
      facet_wrap(~cyl) + 
      ggtitle('Plot 4')
    
    
    

    1.左右拼接

    p1是存储了ggplot的画图元素,只需要用+将两个ggplot画图元素连接起来即可,也可以连接三个,四个

    p1+p2
    
    p1+p2+p3
    
    

    [图片上传失败...(image-91e7e7-1653958828272)]

    2.上下拼接

    上下拼接,用到/将两个ggplot画图元素连接起来即可,也可以连接三个,四个, 如下

    p1/p2
    
    p1/p2/p3
    
    

    [图片上传失败...(image-898cf9-1653958828272)]

    3.组合拼接

    这里组合,可以自定义上面1个或者2个图片,下面1个。只需要+/灵活运用。
    当然,这里新增 |这个符号,表示第一个图片是主提,第2,3个上下加起来是第一个图的长度。

    (p1+p2)/
      (p3)
    
    p1 | (p2 / p3)
    
    

    [图片上传失败...(image-c37665-1653958828272)]

    4.组合图片的标题修改

    这里是爬虫的主要优点,直接给组合图进行ABC的标注,或者罗马字母的标注,直接看图.

    这里使用plot_annotation函数里面的tag_levels参数,tag_levels有五种选择方式:` 'a', 'A', '1', 'i, or 'I',

    当然,还可以自定义,见help("plot_annotation");一般常用 plot_annotation(tag_levels = 'A')

    ### 添加图标识 ABC
    p1 + p2 + p3 + 
      plot_annotation(tag_levels = 'A')
      
    ### 添加图标识 123
    p1 + p2 + p3 + 
      plot_annotation(tag_levels = '1')
      
    ### 添加图标识 I II III
    p1 + p2 + p3 + 
      plot_annotation(tag_levels = 'I')
      
    ### 添加图标识 ABC
    (p1 +labs(title = "") )+
      p2 + labs(title = "")+ 
      plot_annotation(tag_levels = 'A')
    

    [图片上传失败...(image-80bbdb-1653958828272)]

    [图片上传失败...(image-c77c8-1653958828272)]

    标题修改-添加主标题

    # main title
    p1 + p2 +
      plot_annotation(title = 'The Main Tittle = Here we are')
    
    # remove sub title
    p1 + p2 + labs(subtitle = 'This will appear in the last plot')
    
    (p1 +labs(title = "") )+
      p2 + labs(title = "")
    

    [图片上传失败...(image-db3802-1653958828272)]

    5.组合图片的共享图例

    有时候会需要将两个一样的图例进行合并。

    当然还有更多排列方式,见 ?plot_layout

    ## 合并图例
    
    p1+p4+ plot_layout(guides = "collect")
    
    ## 放在底部
    p1+p4+ plot_layout(guides = "collect") &
      theme(legend.position='bottom')
    

    [图片上传失败...(image-402849-1653958828272)]

    共享x.y坐标名称

    有时候会需要共享同一个x坐标的名字,或者y坐标的名字,这里只需要在 p gglot元素里修改即可。例如

    p1+
      (p2+labs(y=""))+ plot_layout(guides = "collect")
    
    

    [图片上传失败...(image-8795b6-1653958828272)]

    [图片上传失败...(image-9a1bc8-1653958828272)]

    类似包 gridExtra,cowplot都是对图片进行排列组合;后续会继续推出相关介绍。

    参考:

    1. https://ggplot2-book.org/arranging-plots.html
    2. https://patchwork.data-imaginist.com/
    3. https://cran.r-project.org/web/packages/patchwork/vignettes/patchwork.html

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