CellRanger: 下载和安装

Cellranger的软件包在10X的网站上可以下载

下载

wget -O cellranger-3.1.0.tar.gz "http://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-3.1.0.tar.gz?Expires=1592854901&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cDovL2NmLjEweGdlbm9taWNzLmNvbS9yZWxlYXNlcy9jZWxsLWV4cC9jZWxscmFuZ2VyLTMuMS4wLnRhci5neiIsIkNvbmRpdGlvbiI6eyJEYXRlTGVzc1RoYW4iOnsiQVdTOkVwb2NoVGltZSI6MTU5Mjg1NDkwMX19fV19&Signature=ocoyBN4NB3c9C36cNMsVM82M60MWt5zN-3IiN7e6YQnJAbo0-4NNDRnKhjWiJGVH3i60QBJV-yKQ6yZNTsmxWI-QmXgp9sEsk9bayBr5ca8mf~Vf9pgxBhd~4qez7MQMbYudVAMSl~fcDEIBP7JOkxviEH6Ufy4bKyJzAfKKPBOPA7yPwE~R8-IrmTLdaDKMgrI~GVd9F1dBJuKgd0MFM7z4cUD6wFHzOmc4XrywVzUNBhfPztBVYQghrcxT0bfpFg34CDf0qeEsMJhFhzG3zFHuR9p7n~JgbVj-QM3UbLDGPHAo66xdoht355124E7rgaiMIk4k6n5ZD9emVQ0Rsw__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

安装

解压缩

 tar -xzvf cellranger-3.1.0.tar.gz #解压缩

添加永久环境变量

• 将 cellranger -> cellranger-cs/3.1.0/bin/cellranger* 所在路径添加到 ~/.bashrc 中
• 将 STAR* 所在路径添加到 ~/.bashrc #顺便添加STAR*到环境变量中，方便以后的调用
• source ~/.bashrc

• 完成