写在前面
早前，TBtools 重测序三兄弟插件释放，主要完成了三个事情：
- BWA-MEM2 GUI Wrapper 进行读段回贴
- SAMTOOLS GUI Wrapper 进行比对结果排序和重复标记
- BCFTOOLS GUI Wrapper 进行变异检测和变异过滤
但是，大伙应该都比较清楚，其实从变异检测准确性的角度来说，GATK是金标准，BCFTOOLS（实际前身是SAMTOOLS）其实没那么准确（或假阳性不低）。当然，在SNP上，其实BCFtools 效果很不错，只是在 INDELs 上表现不佳。具体网络上也有相关评测博文，此处不展开。
至于如何提高BCFtools变异检测（或者说indels检测）的准确性？可以在软件官网看到，具体提议就还是对有 gap 的位置，进行 realign（参考 GATK3.0，对于GATK4.0 是直接进行局部组装）。而这个策略，其实在另一个软件有所应用，也就是 freebayes。总而言之一句话，如果是对样品进行 indels 检测要求相对高（尤其是我们往往涉及分子标记引物时，关注的就是indels），那么勇 freebayes 或许效果会更好。
实际上，只要合理调整 freebayes 参数，整体变异检测效果会很不错。毕竟从方法的角度来说，贝叶斯YYDS。
为此，我决定用 TBtools 的 「CLI Program Wrapper Creator」插件，打包一个「Freebayes GUI Wrapper」插件，以方便大伙使用。
插件使用
直接在「Plugin Store」即可找到 Freebayes 插件，点击安装
安装后，可以直接打开对应插件
参考非常简单，完全可以参考前述重测序三兄弟流程操作。
除此之外
当然，前述重测序三兄弟，SAMTOOLS GUI Wrapper 只能 markdup，没支持 rmdup，现在又补充了这个参数。相信会后续我们要做的事情有不小的帮助。
有需要的朋友可以更新一下这个插件~
写在后面
路漫漫，其修远兮~
TBtools 的 「CLI Program Wrapper Creator」真的很不错。
- 插件开发不到 5 min
- 开发界面支持直接运行测试和调整
- 支持一键打包导出插件便于分发
全程不需要一行代码~ 舒适。
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