代码库8-获得hg38启动子并添加gene symbol

作者: 江湾青年 | 来源:发表于2023-04-12 22:01 被阅读0次

GEO在线分析工具
基因id转换
2020-02-08 Day 23 学习GEO数据库中ID转换
关于数据库的 “ID”
ID转换专题之在线版1：biomart:ensembl_ID
有趣的基因命名
查找一个基因的启动子序列
如何快速获得正确的gene symbol
gene ID / Gene Symbol / Ensembl
转载：GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出g

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(org.Hs.eg.db)

txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
gene_gr <- genes(txdb)
promoter_gr <- promoters(gene_gr)
promoter_gr$gene_symbol <- mapIds(x = org.Hs.eg.db,
                                  keys = promoter_gr$gene_id, 
                                  keytype = "ENTREZID", #需要转换的类型
                                  column = "SYMBOL") #需要转换为的类型
head(promoter_gr)

GEO在线分析工具
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基因id转换
gene symbol 与 entrezid 转换
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关于数据库的 “ID”
常用数据库 ID 序号ID 示例ID 来源一GLA, GLB, UGT1A1HGNC Gene Symbol（基因...
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在线版本线上数据库做注释和ID转换ensembl ID转成gene symbol name ensembl的bi...
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如何快速获得正确的gene symbol
作者：童蒙编辑：angelica 由于基因一般有别名、或者因为excel的转换、人为错误等其他原因，使得基因名容易...
gene ID / Gene Symbol / Ensembl
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转载：GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出g
GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出gene symbol 原文出处[https://www....