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代码库8-获得hg38启动子并添加gene symbol

代码库8-获得hg38启动子并添加gene symbol

作者: 江湾青年 | 来源:发表于2023-04-12 22:01 被阅读0次
    library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
    library(org.Hs.eg.db)
    
    txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
    gene_gr <- genes(txdb)
    promoter_gr <- promoters(gene_gr)
    promoter_gr$gene_symbol <- mapIds(x = org.Hs.eg.db,
                                      keys = promoter_gr$gene_id, 
                                      keytype = "ENTREZID", #需要转换的类型
                                      column = "SYMBOL") #需要转换为的类型
    head(promoter_gr)
    

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