2020-07-14 通过简单的内联重定向和变量调用实现gatk

直接上代码：

#!/bin/bash
for sample in A B C D; do
    cd /data/output/${sample}/
        # 接下来是重点，使用内联重定向符号<<和首尾标记，将多行文本写入json文件
        # 首尾标记可以是任意选择，我这里用EOF(像haha，hehe等也是可以作为标记的)，那么两个EOF中间的文本会被重定向至json文件
        # 首尾标记中间的文本除了确实需要缩进的地方，不 需 要 额 外 缩 进
        # 在文本文件中，也可以调用变量，如${sample}
    cat>preprocessing-for-variant-discovery-gatk4.b37.inputs.json<<EOF
{
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.sample_name": "${sample}",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.ref_name": "b37",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.flowcell_unmapped_bams_list": "$(pwd)/bamlist.txt", 
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.unmapped_bam_suffix": ".unmap.bam", 

  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.ref_dict": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.dict", 
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.ref_fasta": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta", 
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.ref_fasta_index": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta.fai", 
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.SamToFastqAndBwaMem.ref_sa": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta.sa",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.SamToFastqAndBwaMem.ref_amb": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta.amb",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.SamToFastqAndBwaMem.ref_bwt": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta.bwt",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.SamToFastqAndBwaMem.ref_ann": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta.ann",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.SamToFastqAndBwaMem.ref_pac": "/root/gatk-workflows/input/human_g1k_v37_decoy.fasta.pac",

  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.dbSNP_vcf": "/root/gatk-workflows/input/dbsnp_138.b37.vcf",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.dbSNP_vcf_index": "/root/gatk-workflows/input/dbsnp_138.b37.vcf.idx",
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.known_indels_sites_VCFs": [
    "/root/gatk-workflows/input/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf"
  ],
  "PreProcessingForVariantDiscovery_GATK4.known_indels_sites_indices": [
    "/root/gatk-workflows/input/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf.idx"
  ]
}
EOF
done

使用内联重定向符号<<和首尾标记，可以将多行文本写入json文件
首尾标记可以是任意选择，我这里用EOF(像haha，hehe等也是可以作为标记的)，那么两个EOF中间的文本会被重定向至json文件
首尾标记中间的文本除了确实需要缩进的地方，不 需 要 额 外 缩 进
在文本文件中，也可以调用变量，如${sample}