美文网首页Hi-C数据分析
HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2019-08-16 12:51 被阅读16次

欢迎关注”生信修炼手册”!

HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用,参考UCSC基因组浏览器和juicebox中数据的展示形式,运用D3.js等流行的可视化框架对数据进行展示,基于web技术提升了用户的交互体验,缺点就是需要搭建过程比较繁琐。网址如下

http://higlass.io/about

和其他基因组浏览器类似,将每种需要展示的信息定义为tracks, 提供了一下不同的展现形式

下列网址是一个demo网站,展示了HiGlass的各种视图

http://higlass.io/

1. single  view

单个视图窗口,用于展示单个hi-c图谱,基本展现形式如下

用热图的形式展现hi-c图谱,允许通过鼠标进行缩放,或者通过搜索框指定基因组区域。

2.  two linked views

相互关联的两个窗口,两个窗口展示的基因组区域是同步的,可以方便的比较两个Hi-C图谱的异同,示意如下

3.  genome browser-like view

像基因组浏览器一样展示数据,示意如下

当然还有更多的展现形式,综合运用各种views, 可以灵活的进行定制,创建出很多高大上的展现形式,下面网址是一些示例

http://higlass.io/examples

通过编辑配置文件,可以对可视化的数据和形式进行精细的调整,比如下图中修改热图的配色等

HiGlass的使用门槛较高,但是其展示形式更加多样,生成的效果图也更加美观,是一款hi-c数据可视化的利器,更多用法请参考官方文档。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

相关文章

  • HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

    欢迎关注”生信修炼手册”! HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用,参考UCSC基因组浏览器和juic...

  • HiGlass

    HiGlass 是一个用于大型 Hi-C 和其他基因组数据集的快速可视化工具。它是在哈佛大学医学院盖伦堡实验室与哈...

  • GenVisR 基因组数据可视化实战(一)

    从高通量基因组技术直观地可视化和解读数据仍然具有挑战性。R中的基因组可视化(GenVisR)试图通过提供高度可定制...

  • echarts入门教程

    一、echarts介绍 ECharts是由百度团队开发的,可高度个性化定制的数据可视化图表库。它的底层依赖轻量级的...

  • echarts入门教程

    一、echarts介绍 ECharts是由百度团队开发的,可高度个性化定制的数据可视化图表库。它的底层依赖轻量级的...

  • echarts入门教程

    一、echarts介绍 ECharts是由百度团队开发的,可高度个性化定制的数据可视化图表库。它的底层依赖轻量级的...

  • 最流行的编程语言JavaScript能做什么?(续)

    JS的应用场景 数据可视化 移动应用 服务端 桌面应用 游戏 VR AR 物联网 硬件 操作系统 数据可视化 pr...

  • 遇见未来,变革中的大数据可视化

    这个时代是高速发展和大数据应用的时代。作为大数据应用的主流,数据可视化日益成为当前讨论的热点。事实上,大数据可视化...

  • 二 数据可视化前端技术选型

    ← 数据可视化应用场景 数据可视化解决方案 前端数据可视化解决方案如下: Skia Skia 是 Chrome 和...

  • ECharts的使用

    什么是ECharts? ECharts是百度团队开发的一个可以个性定制的数据可视化的图标库。数据可视化是指将数据以...

网友评论

    本文标题:HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/pmmfsctx.html