日常瞎掰
新年上映的《人世间》，真的是一部很不错的电视剧，这可能是由于它比较接地气缘故，能够引起很多普通人的共鸣。其中有一点还是比较现实的，虽然说随着国家的发展，社会的进步，人们的生活水平普遍提高，但在心里却有这样的疑问：以前，人们虽然穷的叮当响，但内心却是快乐的，后面虽然生活水平提高了，但为什么却快乐不起来了呢？也许真的应了那句话，人不患寡而患不均。说的有点远了，下面来说说分析方面的事。最近有项目需要分析核小体定位的数据，提供的MNase-seq单端测序的数据。所以就找了软件DANPOS3来做分析，于是乎也就出现了下面的问题。
问题伊始
DANPOS3有很多功能，做核小体定位只需用子命令dpos即可。使用这个命令前我们需要将比对好的bam文件放在文件夹(该文件夹以样本的前缀命名，多个重复样本文件的前缀要相同)中即可，文件准备格式如下：
sample
├── sample_rep1.bam
└── sample_rep2.bam
准备好文件就可以分析了，一行代码即可，如下所示：
python danpos.py dpos sample
正常情况下，等着程序结束就会得到想要的结果，文件类似如下：
result/pooled
├── bamfiles_sample.Fnor.smooth.positions.xls
└── bamfiles_sample.Fnor.smooth.wig
但是，很不幸，DANPOS3好像对单端数据很不友好，最终程序没能如愿正常完成，而是出现了如下的错误：
ERROR: Empty Bam File
瞬间头大，这错误信息也太少了吧！好像没有什么用，因为我提供的bam文件不是空的啊。此处省略描述去网上查找解决问题办法的过程，因为网上没有找到解决问题的办法。最后只能硬着头皮去看软件的源码，还好是python编写的程序。花了不少时间看代码，最终黄天不负有心人，最后找到了问题的所在。程序目录下有一个reads.py模块，里面有解析sam、bam文件的函数，loadSam、loadSamPaired、loadBam、loadBamPaired四个函数分别用来解析单双端数据的sam、bam。下面是loadBam函数代码的部分截图：
重点来了，到底问题出在哪了呢？可以看到函数加载bam文件后，首先判断read是否比对上，如果没有比对上就跳过，看来程序是把我的bam里面的所有read都识别成没有比对上的了，为什么会这样呢？原因很简单，因为sam.isunmapped一直为false，正确的写法应该为sam.is_unmapped。修改好后再运行程序，结果如预期一样，问题不复存在，得到了想要的结果。这里再补充一句，如果提供的是单端的sam文件，需要修改loadSam函数里面对应的代码。
结束语
代码的世界里真的是差之毫厘谬以千里！希望这篇能帮助到遇到同样问题的你，同时更希望软件的作者能够修复这个问题，这样更能方便其他人的使用！最后附上软件的官网链接：https://sites.google.com/site/danposdoc/。
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