学习资料B站视频：生物技能树 第八季转录组测序数据分析
“学好一个东西，再去扩展到其他东西，只要稍微有点儿逻辑和认知理解能力，是很容易的。”——jimmy老师在本季课中的语录。

一、转录组分析基本流程

质控&清洗：需要参考基因组gtf文件，参考转录组genome.fa文件。软件：fastqc，multiqc，trimgalore，cutadaptor（这几个软件都是和ChIP-seq的一样啊），Trimmomatic
比对：STAR，HISAT2，TOPHAT2，SUBREAD
计数定量获得表达矩阵：featureCounts，htseq-counts，bedtools
归一化&差异分析：DEseq2，edge2，limma（voom）
差异分析：
功能富集

二、生物信息学常识

1. linux（在生信人如何学linux里面学过）

去可视化
安装软件及conda
文本处理及脚本
环境变量

2. 数据库（初步接触过，待深入学习）

三大数据中心: NCBI、ENSEMBLE、UCSC

3.语言

R要持续继续学
perl或python选一个学，优选python

4. 各种数据格式

三、linux操作复习常用命令

1. 在shell软件或者Mac的终端里中输入ssh xxx@X.X.X.X登录。
2. ls -lh 查看当前目录下文件和文件夹
3. du -sh 查看当前目录总共占用的磁盘空间大小
4. cd 改变当前目录

四、转录组常识
1.测序常识
2.转录组研究RNA，在gtf文件可以查基因转录本的长度。
GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，就是指出某基因在那个染色体的那个位置，以及其他特征。可以去ensembl或genecode下载。
比如要下载人的：
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-93/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.93.gtf.gz
https://www.gencodegenes.org/human/
3.实验设计
*生物学重复比同一个样本高深度测还要重要。宁可多测几个样本，也不要可着一个样本加深去测。这样假阴性就比较少。
*经费充足条件下，动物组织样本最好n大于等于6；细胞最好n大于等于3；人类样本最好大于等于30。。。
*spike-ins 并不是非要加的