科学研究
全校共有10多个研究所(机构),包括化学、人文、原子能、木材、粮食科学、灾害防治基础物理、病毒、经济、数理分析、核反应堆实验所、灵长类动物研究所、超高层电波研究再生医化学研究所为全国共同利用研究所;东南亚研究、大型计算机中心，放射生物、超高层电波、螺旋质谱仪核聚变、放射性同位素综合研究中心等13个全校性的研究机构设施。
不少研究所和中心是日本国内独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究提供了得天独厚的条件。
基础理论研究方面，该校走在日本各大学的前头，影响最大的是以汤川秀树为首任所长发展至今的基础物理研究所，已成为世界基础物理理论研究的中心之一，研究领域包罗天体物理、基本粒子、原子核、宇宙、统计物理、物性等诸多方面。
人文科学的研究方面十分重视发展自己的特色，历史上也出现了不少著名的学者。文学部附属文学博物馆收藏有5万年以前至现在的许多珍贵出土文物，还有来自日本、高丽、中国、印度、中亚、埃及、欧洲和美洲等国和地区的达20万件古代展品。文学部另一机构中亚研究所(羽田会馆)藏有许多早年从我国沈阳带过去的重要文物的摄影和1万多种重要文献资料。在唐诗、元曲、《天工开物》、汉书律历志方面的研究也是世界大学中的佼佼者;藏有研究汉学的珍贵中国文献41万册，其中有些是连我国国内也难找到的。
核科学研究方面，无论是理论研究还是工程运用研究，美国学者也不得不承认，京都大学已走在国际的前沿。
医学教育与研究方面，学科齐全，有设备先进、功能多样的附属医院。在脑神经、免疫、胸腔疾病、癌、新药合成等领域成果卓著。
农学研究方面，农业会计研究设施、植物生殖设施在植物的起源、分化、传播、远缘杂交、遗传资源的收集保存等方面显示出优势，被国际遗传资源理事会认定为“基本银行”而成为国际活动中心。
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