写在前面

这一篇教程写于很久之前，那时候才刚开始学着记录下自己的学习过程，今天将其正式贴出来，供自己也供读者参考。

Blast的安装

说明：BLAST工具是由NCBI所提供。

以下摘自NCBI官网
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) finds regions of similarity between biological sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance.

功能：BLAST 是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。[BLAST]程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
下载地址：~~ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/~~

旧地址已失效，新链接为 ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz

具体安装：

wget ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz ‘解压’
mv ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz blast ‘改名’

可以通过绝对路径来直接使用BLAST的相关命令，但为了使用方便，还需要进一步配置。将BLAST+可执行目录（bin）的绝对路径加入到环境变量PATH中，方便直接通过命令名进行调用。主要有两种方法：

方法一：
执行以下命令
PATH=$PATH:/usr/local/BLAST/blast/bin
或
PATH="PATH":/usr/local/BLAST/blast/bin
或
PATH=${PATH}:/usr/local/BLAST/blast/bin
这种方法只在当前终端生效，退出重新进入终端后就无法使用，要想永久生效，参见方法二。

方法二：
编辑~/.bashrc文件，在最后加上：
export PATH=/usr/local/BLAST/blast/bin:$PATH
如果不会使用vi/vim等编辑器，可直接运行下列一行命令，将上述内容添加到~/.bashrc文件
echo "export PATH=/usr/local/BLAST/blast/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc

最后，重启终端或执行以下命令让配置生效：
source ~/.bashrc

需要注意的是如果你只想在普通用户身份下使用BLAST的相关命令，那需在普通用户身份下执行上述命令，因为root和一般用户的PATH变量的内容不一样。

配置本地Blast库

BLAST分为在线和本地两种，你可以直接在NCBI网站上在线使用BLAST进行相关分析，也可以在本地进行分析。当需要进行大量对比的时候，将BLAST数据库本地化能极大提高效率。下面以一个具体例子讲一下配置本地BLAST库的方法。

BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastbd创建
执行help参数简单看下说明（help说明中可以看到该命令所支持的文件格式）

从数据库网站上下载长瓜两个品种的核酸数据库

wget ftp://cucurbitgenomics.org/pub/cucurbit/genome/cucumber/Chinese_long/v2/cucumber_ChineseLong_v2_genome.fa.gz
wget ftp://cucurbitgenomics.org/pub/cucurbit/genome/cucumber/Gy14/V2/ Gy14_v2.cds.fa.gz

解压

gzip -d cucumber_ChineseLong_v2_genome.fa.gz
gzip -d Gy14_v2.cds.fa.gz

构建数据库

makeblastdb -in cucumber_ChineseLong_v2_genome.fa -dbtype nucl -out cucumber -parse_seqids
makeblastdb -in Gy14_v2.cds.fa -dbtype nucl -out Gy14 -parse_seqids

需要注意的是设置-parse_seqids参数时，建库时会对输入fasta文件的序列ID进行检查，注意不要有空格，不然会报错。

到此，本地数据库就已经建好了。下面来尝试进行比对

echo '>test' > query.fa 
echo TGAAAGCAAGAAGAGCGTTTGGTGGTTTCTTAACAAATCATTGCAACTCCACAAGGCGCCTGTAATAGACAGCTTGTGCATGGAACTTGGTCCACAGTGCCCTACCACTGATGATGTTGATATCGGAAAGTGGGTTGCAAAAGCTGTTGATTGTTTGGTGATGACGCTAACAATCAAGCTCCTCTGGT >> query.fa

用blastn检索核酸数据库。最简单的方法就是提供数据库所在位置和需要检索的序列文件。
blastn -db cucumber -query querry.fa -out test.blastn@cucumber.nsn -evalue 1e-2
这样，序列比对的结果就会存储在 test.blastn@cucumber.nsn 这个文件中。