一、准备工具

两个基因组文件： fs32.fa    r498.fa (作为参考基因组)

minimap2的安装：

1.conda 直接安装

conda install -c bioconda minimap2

2. 下载安装

wget https://github.com/lh3/minimap2/releases/download/v2.17/minimap2-2.17_x64-linux.tar.bz2

tar -jxvf minimap2-2.17_x64-linux.tar.bz2

cd minimap2-2.17_x64-linux/

二、基因组比较

minimap2 -ax asm5 --eqx  r498.fa  fs32.fa >fs32.sam

最终得到sam格式文件

三、使用syri 从sam文件中鉴定sv和snp

1.安装软件

conda install -c bioconda syri 

或者：

cd  /home/lsh/biosoft/

git clone https://github.com/schneebergerlab/syri.git

python setup.py install

chmod+x syri/bin/syri syri/bin/chroder syri/bin/plotsr

2.python3 /home/lsh/biosoft/syri-master/syri/bin/syri -c fs32.sam -r r498.fa -q fs32.fa -k -F S

最终得到结果文件,其中

syri.out 可以用来画共线性图

syri.vcf 包含了SNP

3.画图

python  /home/lsh/biosoft/syri-master/syri/bin/plotsr  syri.out  r498.fa   fs32.fa

SyRI鉴定SV - 简书 (jianshu.com)

schneebergerlab/syri： Synteny and Rerangement Identifier (github.com)