跟着Nature Communications学作图：R语言gg

论文

Chromosome-level assemblies of multiple Arabidopsis genomes reveal hotspots of rearrangements with altered evolutionary dynamics

https://www.nature.com/articles/s41467-020-14779-y

拟南芥NC_panGenome.pdf

分析代码的github主页

https://github.com/schneebergerlab/AMPRIL-genomes

论文中组装了7个拟南芥的基因组，做了一些泛基因组相关的分析，数据和大部分代码都公开了，我们试着复现一下其中的图和一些分析过程，今天的推文复现一下论文中的figure5e 柱形图展示富集分析的结果

做完GO富集分析，数据格式如下

image.png

数据是excel存储

首先是读取数据

library(readxl)
dat<-read_excel("data/20230318/Source_Data.Figure5/5e/Fig5e.HOT.genes.GO.xlsx")
dat

最基本的柱形图

library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(x=Term,y=Count))+
  geom_col()

image.png

进行一些美化

library(tidyverse)

dat %>% 
  mutate(Term=str_replace(Term,"GO:[0-9]+~","")) %>% 
  arrange(desc(Count)) %>% 
  mutate(Term=factor(Term,levels = Term)) %>% 
  ggplot(aes(x=Term,y=Count))+
  geom_col(aes(fill=PValue))+
  theme_bw()+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 60,hjust=1),
        legend.position = c(0.9,0.4))+
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0)),
                     limits = c(0,65))+
  scale_fill_gradient(low="blue",high = "red",
                      name=expression(italic("P-value")))+
  labs(x=NULL)

image.png

买一送一，再复现一下论文中的Figure5d

fig5d<-read_delim("data/20230318/Source_Data.Figure5/5d/Fig5d.txt",
                  delim = "\t")
library(ggh4x)

fig5d %>% 
  mutate(region=factor(region,levels = c("SYN","HOR"))) -> fig5d
ggplot(data=fig5d,aes(x=`high-effect-variant-percent`,y=region))+
  geom_boxplot(outlier.alpha = 0,
               aes(fill=region),
               width=0.4)+
  theme_bw()+
  theme(legend.position = "none",
        panel.border = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        panel.grid = element_blank())+
  scale_x_continuous(limits = c(0,15))+
  guides(x=guide_axis_truncated(trunc_lower = 0,
                                trunc_upper = 15),
         y=guide_axis_truncated(trunc_lower = 1,
                                trunc_upper = 2))+
  scale_fill_manual(values = c("#2b6aa8","#f39200"))+
  labs(x="Deleterious variants (%)",y=NULL)

image.png

最后是拼图

library(patchwork)
p2+p1+
  plot_layout(widths = c(1,3))

image.png

示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取

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