我们首先在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 不知道学习的朋友多不多，反正留言参与推荐高校生物信息学课程改革的朋友很少。
确实各大高校的课程设置，跟不上生物信息学的发展速度啊！这两天我会把全部中国大学MOOC的生物信息学课程搬运过来推荐给大家，如果确实有需要的朋友，可以查漏补缺，适当看一看。但是我们的重点是讨论一下新时代的生物信息学课程设置，不应该是这样的泛泛而谈的生物信息学认知课。
我这里起一个头，我希望高校可以开设的课程包括；
- 肿瘤数据库之TCGA计划（希望可以介绍NGS技术在肿瘤学的应用，TCGA计划的来龙去脉，数据背后的生物学认知革命）
- 实用生物信息学统计大全（包括差异分析，富集分析，GSEA，WGCNA，GSVA等等）
- 生物信息学图表绘制课（各种NGS组学数据下游分析图表展示示例讲解）
- 其它待你补充哦
今天我们推荐的是华中农业大学的生物信息学课程
课程前言
本课程在原国家级精品课程、国家级精品资源共享课《生物信息学》基础上转型升级，是一门生命科学领域和信息科学领域的应用型交叉学科。课程共分为八章，分别是生物信息学概要、生物信息学数据库、生物信息学数据库检索、系统演化分析、基因分析和基因组注释、蛋白质分析、基因组浏览器、生物信息学其他应用。通过本课程的学习，可以培养学员具有生物信息学方面的理论基础和基本技能，能够运用所掌握的生物信息学理论、方法和技术初步解决科研和实际工作中生物信息的存储、检索、分析和利用的问题。本课程不仅有理论讲授，更有大量操作视频，并辅以在线互动答疑和其他相关资料。
课程目录
第一章 生物信息学概要
- 1.1 生物信息学发展
- 1.2 生物信息学基本方法和技术
- 1.3 生物信息学研究内容
- 1.4 生物信息学应用
第二章 生物信息学数据库
- 2.1 核苷酸数据库
- 2.2 蛋白质数据库
- 2.3 其他数据库及数据提交
第三章 生物信息学数据库检索
- 3.1 关键词为基础的数据库检索
- 3.2 序列对位排列分析原理
- 3.3 序列为基础的数据库检索
第四章 系统演化分析
- 4.1 多序列对位排列
- 4.2 系统演化分析
- 4.3 MEGA应用
第五章 基因分析和基因组注释
- 5.1 编码蛋白质基因预测
- 5.2 非编码RNA基因预测
- 5.3 基因结构分析
- 5.4 miRNA及靶基因预测
- 5.5 ENCODE
第六章 蛋白质分析
- 6.1 蛋白质性质和结构分析
- 6.2 膜蛋白分析
- 6.3 蛋白质翻译后修饰分析
- 6.4 蛋白质亚细胞定位分析
第七章 基因组浏览器
- 7.1 UCSC基因组浏览器
- 7.2 Ensembl基因组浏览器
- 7.3 代表性模式生物数据库
- 7.4 代表性农作物数据库
第八章 生物信息学其他应用
- 8.1 芯片表达谱及RNA-seq应用
- 8.2 ChIP-seq技术及应用
- 8.3 Galaxy应用
- 8.4 GEO数据库应用
- 8.5 CRISPR gRNA设计
- 8.6 Primer设计
- 8.7 限制性核酸内切酶切割位点分析
- 8.8 测序在组学中的应用
可以看到，基本上是围绕着生物信息学早期概念而展开的，现在流行的NGS测序，以及各种的组学技术都没有涉及。
参考资料
- Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Third edition). New York: Wile-Interscience. 2004.
- NCBI Education. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn/
- EMBL-EBI. https://www.ebi.ac.uk/
- 樊龙江。生物信息学。浙江大学出版社，2017。
- Mayer B。组学数据生物信息学：研究方法与实验方案（导读版）。科学出版社，2013。
- 李霞 雷健波 李亦学。生物信息学（第二版）。人民卫生出版社，2015。
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