清华洞遗址位于县城南3千米的昆畹公路南侧，处于祥城坝西南边缘地带，背倚清华山，面向祥城坝，属喀斯特地形石灰岩溶洞。洞口宽约40米，平面形状呈弧形，面向东。洞口外壁高近20米，呈黄红色，古色斑驳，洞壁上有明清以来的摩崖石刻20余处。洞壁从上往下斜向内收，形成较大的岩棚空间。岩棚深处有山洞伸入山腹。主洞口较窄，但洞内较为宽阔、深远，各支洞错综复杂，可相互交通。因此，清华洞历来被视为旅游探险的胜地。
以百万年计的人类演进岁月里，不止一个群落，在遭遇到狂风暴雨或炎阳毒照的时候进入清华洞躲避、歇息，得以庇佑。有了第一次，就自然有第二次、第三次，一直在清华洞附近生存的远古人群，便有意无意地一再光顾清华古洞。这也是清华洞对周边古人人文历史的第一次贡献。
清华洞，与人类的旅游有缘：一是猿人、原始人、智人光顾过；二是新石器时代的人居住过；三是从清华洞走出去的“滜靡”（昆明），即白族先民的族群之一，与“五帝”时代的“义渠国”“白民之国”有关。春秋、战国之际则建立起“昆明”古国，历时一千多年，到唐代才消亡。其人文历史，以万年计算；其文明历史，也有四千多年；其古国历史，《山海经》《周书》《史记·西南夷列传》《华阳国志》《唐书》《蛮书》等，都有记载，这是其他任何洞穴所难以比拟的。
大约在距今8000年左右，农作物的发现、选育、改良以及家禽、家畜的训化、饲养技术的日益成熟。有了农业就不必到处觅食，而需定居耕种。于是，清华洞周边的一群农耕人入住洞内，清华洞成为他们安居乐业的家；这是清华古洞对入住人群的人文历史的第二次贡献。入住清华洞的人群，可称“清华洞人”。
清华洞曾为军用储油基地，1961年部队扩建仓库时发现遗存，云南省博物馆对遗址进行清理发掘，出土石斧、石锛、石刀、陶罐、纺轮等22件。此后，清华洞遗址在研究论文中屡被提及，但限于资料未发表，其文化面貌甚为模糊。为了解遗址文化性质，2010年6-7月，云南省文物考古研究所、大理白族自治州文物管理所和祥云县文物管理所组成联合考古队，对清华洞遗址进行勘探试掘。试掘面积54平方米，出土陶片5200余片，发现石斧、石锛、石凿、石刀、石镞、石杵、砺石、纺轮等70余件。
早几年，在清华古洞的洞口有一大堆火坑遗迹。望着先民在洞口留下的火坑遗迹，人们不禁会想到，不知是哪一天，哪一部落，曾偶然走进了洞口，一声长啸，一片欢腾。他们惊惧地打量着洞内黑森森的深处，野兽的鸣叫隐隐传出。们曾疑虑地仰望过洞顶的钟乳石，不知它们会带来什么灾祸。于是，人们握起尖利的石块朝前走，为了得到这个家园而进行一场殊死搏斗。从后来发掘出的石斧、石锛等，可以想象到当时搏斗的惨烈。
洞内的猛兽早已成群结对，与人类争夺这个天地。一场恶斗，一片死寂。一个部落被吞没了，什么也没有留下。又不知过了多少年月，又一个部落发现了这个洞穴，仍然是一场恶斗。终于，人类凭借尖利的石器战胜了兽类，便在清华古洞中繁衍生息，从而留下洞口的一大堆火坑遗迹，还有新石器时期人类使用过的一些石器等物证。
据传说，先前曾有人带着足够的干粮进入清华古洞，却从远离祥云数十里外的弥渡一山洞中出来。也有这样的传说，将一只猫放进清华古洞，又放入一条狗去追，猫狗均从弥渡天生桥的一个山洞中跑了出来。传说归传说，事实上是先我们多少年前，不时有人一次次来到洞口，也有人进入过洞中，却从未有人走到尽头。
仅是县志和有些资料上零零散散地记载着，有“滇西第一洞”之称的祥云县清华洞，因曾发掘出新石器时期的人类使用的一些石器而名噪一时。显而易见，这里曾在远古就有人类居住过，也是使生命得以繁衍的地方。
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