愿天堂没有Error
加载不出包
错误原因：
- TCGAbiolinks的加载需要依赖于biomaRt，由于我没有安装这个R包，所以加载不出来。
- 出现错误还有可能会是R包需要更新，或者是依赖的R包需要更新
新内容
- TCGA下载突变数据使用TCGAbiolinks包
TCGAbiolinks包参数讲解
TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例
GDCquery_Maf(tumor="LIHC",pipelines="mutect2")
留了一个疑惑就是pipeline的几个类型还没有搞懂。 - TCGA癌症类型简写
-
cor计算两个变量之间的相关系数 - TCGA下载表达数据
expquery <- GDCquery(project = "TCGA-LIHC",
data.category = "Transcriptome Profiling",
data.type = "Gene Expression Quantification",
workflow.type = "HTSeq - FPKM")
GDCdownload(expquery)
GDCdownload可以中断之后连续下载数据
GDC下载的速度真的好慢啊感觉快等了一下午了真的，还没下完，不知道什么时候才能下完。也可能是我不知道什么下载的好的办法，这种会有镜像的限制吗？
网友评论