肿瘤突变负荷计算

作者: 小洁忘了怎么分身 | 来源:发表于2020-12-10 10:07 被阅读0次

肿瘤突变负荷计算
计算肿瘤突变负荷
maftools包计算TMB值
TMB/TML
肿瘤突变负荷TMB
2020-03-07 知识笔记
免疫基因组指标的计算（6个）
TMB、Checkpoint
TCGA肿瘤突变负荷分析
TMB(肿瘤突变负荷) panel基因筛选

0.肿瘤突变负荷(TMB)

之前看到TMB还以为在骂人呢。后来知道这是一个随着肿瘤免疫火起来的新名词。

定义：肿瘤基因组每个编码区域的非同义突变的总数。

好吧，那就需要知道什么是非同义突变了。

不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变

这个应该是可以理解到的，因为密码子的简并性，有的点突变虽然发生，但并没有改变密码子所编码的氨基酸，突变了个寂寞。

TMB的等级划分

TMB levels are divided into three groups on FoundationOne CDx reports, including low TMB (1–5 muts/mb), intermediate TMB (6–19 muts/mb), and high TMB (≥ 20 muts/mb).出自: https://diagnosticpathology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13000-020-00971-7

2.计算方法

maf文件读进R语言后，一个函数即可计算,还出了个图呢。

我用的是卵巢癌的数据。随便拿哪个maf都行。

library(maftools)
laml <- read.maf(maf = "OV.mutect.maf.gz")

## -Reading
## -Validating
## -Silent variants: 24377 
## -Summarizing
## --Mutiple centers found
## BI;WUGSC;BI;WUGSC--Possible FLAGS among top ten genes:
##   TTN
##   MUC16
##   FLG
##   SYNE1
##   HMCN1
##   USH2A
## -Processing clinical data
## --Missing clinical data
## -Finished in 6.864s elapsed (22.4s cpu)

x = tmb(maf = laml)

image.png

head(x)

##            Tumor_Sample_Barcode total total_perMB total_perMB_log
## 1: TCGA-29-2436-01A-01D-1526-09     5        0.10      -1.0000000
## 2: TCGA-10-0937-01A-02W-0420-08     6        0.12      -0.9208188
## 3: TCGA-36-2540-01A-01D-1526-09     6        0.12      -0.9208188
## 4: TCGA-10-0928-01A-02W-0420-08     7        0.14      -0.8538720
## 5: TCGA-57-1586-01A-02W-0633-09     7        0.14      -0.8538720
## 6: TCGA-13-0717-01A-01W-0371-08     8        0.16      -0.7958800

x第三列就是TMB值了,可以用四分位数看看tmb值的分布情况：

quantile(x$total_perMB)

##    0%   25%   50%   75%  100% 
##  0.10  1.04  1.58  2.60 22.60

图的意思：

横坐标没写，就是TMB排序后的样本，纵坐标是log后的TMB值，也就是x表格里的第四列。默认取log，是为了画图直观。如果你不想取log，那就设置一下参数：

tmb(maf = laml,logScale = F)

image.png

##              Tumor_Sample_Barcode total total_perMB total_perMB_log
##   1: TCGA-29-2436-01A-01D-1526-09     5        0.10      -1.0000000
##   2: TCGA-10-0937-01A-02W-0420-08     6        0.12      -0.9208188
##   3: TCGA-36-2540-01A-01D-1526-09     6        0.12      -0.9208188
##   4: TCGA-10-0928-01A-02W-0420-08     7        0.14      -0.8538720
##   5: TCGA-57-1586-01A-02W-0633-09     7        0.14      -0.8538720
##  ---                                                               
## 432: TCGA-24-1431-01A-01D-0472-01   737       14.74       1.1684975
## 433: TCGA-61-2113-01A-01W-0722-08   751       15.02       1.1766699
## 434: TCGA-59-2349-01A-01W-0799-08   754       15.08       1.1784013
## 435: TCGA-20-0991-01A-03D-0428-01   781       15.62       1.1936810
## 436: TCGA-61-2095-01A-01W-0722-08  1130       22.60       1.3541084

齐活啦！感谢maftools!