Pheatmap转ggplot2

作者: Cdudu | 来源:发表于2020-10-10 09:46 被阅读0次

Pheatmap转ggplot2
初级题目
「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify—
ggplot2快速绘制热图(heatmap)
R语言ggplot2画四方形的热图展示相关系数的简单小例子
R中热力图的两种绘制方法-ggplot和pheatmap
pheatmap热图
R 热图
聚类热图——pheatmap和complexheatmap
ComplexHeatmap绘制复杂热图

问题

pheatmap出的热图添加脚注、拼图等都非常麻烦

老的解决方案

由于pheatmap是基于grid画图的，因此可以用grid的语句添加注释，但是功能有限，例如不能换行

grid.text(label = 'Fig.3 Hierarchical clustering analysis of DEGs.', 
          x=0.5 , y=0.065,
          gp = gpar(fontsize = 10))

新的方案

用ggplotify将pheatmap转化为ggplot2

#pheatmap出图
d <- matrix(rnorm(100), ncol=10)
library(pheatmap)
p <- pheatmap(d)

#转换
require(ggplotify)
g = as.ggplot(p)

#随后就可以将g当作一个ggplot2的对象进行图层添加了

参考资料

Y叔听说你想把pheatmap和ggplot2拼在一起

Pheatmap转ggplot2
问题 pheatmap出的热图添加脚注、拼图等都非常麻烦老的解决方案由于pheatmap是基于grid画图的，...
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#install.packages("pheatmap") library(pheatmap) #引用包 e...
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参考 pheatmap包 >CRAN - Package pheatmap (r-project.org)[htt...
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