Clinical management of pregnanci

这篇文章解答了疑惑，在NIPT的大数据cohort里，RAA的检测情况如何，因此本人来评估稀有染色体的三体性（RAA）的检出情况。
IF：1.287 https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/0300060520966877

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目的：回顾NIPT的RAA(rare autosomal aneuploidies)结果。
方法：2017.3-2020.2期间的18016个妊娠，阳性RAA的孕妇接受有创孕前筛查
结果：33个RAAs的阳性案例，占比阳性比率的0.18%。其中T7占比33.3%,还检查到S16, S14，S22.
28个RAAs案例接受有创筛查。
4个案例异常妊娠，包括验证的胎儿嵌合(n=1)、部分UPD（单亲二倍体）(n=1)，流产(n=1)，超声的异常(n=1)。
结论：RAA和UPD、嵌合非整倍性、不好的妊娠相关联。但是大多数阳性结果有正常的妊娠结果。对于RAAs，异常NIPT结果，潜在的危险的遗传咨询。

经常检测到的常染

The most common RAAs detected in cffDNA involve aneuploidies 7, 16, 15, and 22, while aneuploidies involving other chromosomes are relatively rare.

方法

• 数量18016、12-23周的gestation underwent NIPT的孕妇
• 公司：广州Darui Biotechonology Co., Ltd.
• 确诊方法：confirmatory diagnostic testing by amniocentesis, karyotyping, and CMA
• 参考基因组：Finally, the data were visualized and analyzed on Affymetrix Chromosome Analysis Suite (ChAS) Software (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA) with reference to the human assembly GRCh37/hg19.
• 非整倍性计算方法：Ftal chromosomal aneuploidies were identified using the criteria of a Z-score >3 or <−3. For RAA-positive cases, confirmatory diagnostic testing was performed depending on individualized desire after genetic counseling.
• CNV计算规则：The reporting threshold for the size of copy number variants was set at 500 kb with a marker count of ≥50 for gains and 200 kb with a marker count of ≥50 for losses.
• 正常孕妇的结果： A normal pregnancy outcome was defined as that without fetal growth restriction, congenital malformation, preterm birth, miscarriage, stillbirth, or neonatal death.

NIPT结果的异常情况和解决方法

fetal growth restriction, fetal mosaicism, CPM, and UPD
胎儿UPD检测用羊水做CMA分析
按照《胎儿常见染色体异常和开放神经管缺陷产前筛查与诊断技术标准》进行染色体嵌合体检查。
还可以坐二期、三期的超声

结果

33个阳性RAAs，阳性比例0.18%（33/18016）。
45.5% (15/33)接受：intermediate-risk serum screening results.
12.1% (4/33) 接受：high-risk serum screening results,
24.2% (8/33) 高龄

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details

T7 :NIPT，11 (33.3%, 11/33)阳性RAAs样本是T7
T22：trisomy 22 (12.1, 4/33)
T8 (9.1%, 3/33),
T9 (6.1%, 2/33)
T2 (6.1%, 2/33)
T20：1
T16：1
T15：1
T10：1
T6：1
T3：1
单倍体：monosomies for chromosomes 16 (9.1%, 3/33)、14 (3.0%, 1/33), and 22 (3.0%, 1/34)

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outcomes

Twenty-eight (84.8%, 28/33)同意consent做确诊筛查，核型和CMA。
T15：Z值12.366，胎儿核型是46,XN(53)/47,XN,+15(47)mosaicism 。终止妊娠
T2： Partial UPD (2p25.1-p22.3, 24.36 Mb) of chromosome 2 was found in one case of trisomy 2 (Z-score: 12.92),。阴道出血，loss fetus。
除三名没有随访的妇女外，还有4个孕妇有不良妊娠结果。

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Discussion

RAAs 33/18016的比例比先前报告的低；
随访发现大多数阳性案例有正常的妊娠结果。
28/33接受诊断检测，大多数为假阳。
NIPT疑似的RAAs样本,CPM风险增加（be associated with an increased risk of CPM）
一个胎儿死亡，在一个未诊断检查的T22样本。
另一名妇女假阳性胎儿单染色体16结束妊娠由于胎儿结构异常。

CPM与妊娠并发症有关，从无临床表型到宫内胎儿生长受限，甚至宫内胎儿死亡
CPM可能是不良妊娠的一个可能的解释原因

UPD，可能是T或者S引起，本文发现chr2的UPD(2)(p25.1–p22.3)。
UPD坏处：UPD可因印迹基因的功能性丢失或常染色体隐性遗传突变的纯合性而引起疾病。
如前所报道，UPD与多种印迹疾病有关，如短暂性新生儿糖尿病、罗素-西弗氏症、Beckwith Wiedemann综合征母、父UPD综合征，Angelman综合征，angelader Willi综合征、普瑞德威利氏症候群、和UPD(20)母、父综合征。
没有明确证据确认印记基因异常与2p25.1-p22.3区域相关，在这个孕妇，出现不明原因的阴道出血的胎儿流产。

遗传咨询：涉及了RAAs的已经确定的loci，such as pat6q24, mat7p11.2-p12 and q32.2, pat11p15.5, mat/pat14q32, mat/pat15q11-q13, and UPD(20) mat (several loci involved)/pat20q13.3.进行perform遗传咨询。

可能的UPD胎儿，最好进行诊断分析。但是并非必要的，如果不涉及印记基因的位点。