2021-11-14 pheatmap

绘制热图

rm(list = ls())
a<-read.csv("~/work.csv",header = T,row.names= 1,check.names=F)
df <- as.matrix(a)
df2<-log2(df)
pheatmap(df2,
         color = colorRampPalette(colors = c("blue","white","yellow"))(100),
         cluster_col = FALSE,
         cellwidth = 20, cellheight = 20, main = "Lung",
         filename = "lung.pdf",
         angle_col = 45,
         scale = "row"
)

其中scale参数表示原始数据中，每个基因表达变化范围对应的数值大小不同，导致图片中色彩变化难以显示基因在不同样本中的变化趋势，可以对基因在每个样本中基因表达数据进行标准化，使其数值在一定范围内，从而实现热图的优化，而控制参数为scale，对基因（行，row）进行处理