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circRNA序列获取

circRNA序列获取

作者: 麦子菇娘 | 来源:发表于2022-09-15 14:11 被阅读0次

1. circbase(http://www.circbase.org/)

      用于查找来源于人类、小鼠、线虫等多物种的circRNA相关信息。直接输入进行搜索,支持 circBase ID(hsa_circ_0018046)、 refseq转录ID(NM_018076)、gene symbol(ARMC4)、genomic coordinates (chr10:28196591-28233891)或者Gene Ontology term identifiers(注释号)。由于我这边打开网页一搜索就报错,所以没有办法演示后面的序列获得过程。

circBase网页模块

2. circBank(http://www.circbank.cn/index.html)

    由于circBase网页打不开,所以我又找到了另一个可以获得人类circRNA序列的circBank。circBank是一个全面的人类circRNA数据库,其中包括来自不同来源的140000多个人类注释circRNA。除了circRNA的基本信息,还包括通过两种方法预测的结合miRNA,circRNA蛋白编码潜力,circRNA保守性、circRNA突变和甲基化等修饰。

从上到下

然后就获得hsa_circ_0018046的circBank ID、circBase ID、染色体位置、长度、基因、转录本、注释号以及序列等相关信息。

hsa_circ_0018046的相关信息

跟circbase相比较,circbank里面只包含人类circRNAs,没那么全面,但是没办法谁让我打不开那个网页呢,也不知道为啥,有人知道怎么打开的小伙伴麻烦分享一下方法啊。。。。

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