之前在简书中看到过基因 id 转换的相关文章，没点进去，应该不是一个东西。
$ cat aaaa.sh
awk '{print $1}' $1 | sed 's/>//' | \
awk 'ARGIND==1{a[$1]=$2}ARGIND==2{if(a[$1]!="")print ">"a[$1];else print}' $2 -
$ cat cds.fa
>gene1
ATCGACCTAGCATTCAG
>gene2
CAGTACAGGGACAGTTC
$ cat id.txt
gene1 one
gene2 two
$ bash aaaa.sh cds.fa id.txt
>one
ATCGACCTAGCATTCAG
>two
CAGTACAGGGACAGTTC
之前在简书中看到过基因 id 转换的相关文章，没点进去，应该不是一个东西。
之前写过一个【基因id转换】的脚本，是针对fasta文件的。 一些软件对基因id的长度有一定限制，改完基因id跑完...
准备工作 这里进行包的导入 基因ID类型的转换 bitr转换 参数： x：基因ID向量 fromType：目前基因...
#BiocManager::install("clusterProfiler") #BiocManager::in...
gene symbol 与 entrezid 转换
参考Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)[https://blog.csdn.net/weixin_4...
1.一开始是在DAVID中：不过转换后的结果有些不全； https://david.ncifcrf.gov/ 2....
01.需求 TCGA的RNA-seq数据使用的geneid是ensembl id,两个常见的需求： 1.差异分析结...
简要说明 $$shell本身的PID（ProcessID,即脚本运行的进程ID号）$!shell最后运行的后台Pr...
富集分析：GO、KEGG id转换：bitr() 输入数据：差异基因的entrezid；所有基因的entrezid...
本文标题：脚本 | Shell | 基因id转换
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/qasfsltx.html
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