ATAC-seq

1、ATAC-Seq的内容可参考博主六六_ryx的文集【11】ATAC-seq/ChIP-seq分析方法

将其目录粘贴如下：

第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

第2篇：原始数据的质控、比对和过滤

第3篇：用MACS2软件call peaks

第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools

第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC

第6篇：重复样本的处理——IDR

第7篇：用Y叔的ChIPseeker做功能注释

第8篇：用网页版工具进行motif分析

第9篇：差异peaks分析——DiffBind

第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析

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自己总结如下：一般分析流程：

fastqc质控（multiqc整合结果）——去接头——bowtie2比对（小于50bp时使用bowtie1）——取唯一——去冗余——去除线粒体基因组——MACS2做peak calling——后续的可视化、峰比较、寻找motif等

注释：

取唯一、去冗余、去除线粒体基因组 这三个步骤顺序不重要，

取唯一可以使用samtools，根据MAPQ值，即-q参数完成

去冗余使用picard

去除线粒体基因组，具体的软件目前还没有具体操作（0.0），之后会补上具体的操作步骤。另外一种方法也可以自己写一个python脚本来实现，将chrM基因组删去，保留剩下的序列文件。

大家可参考文章：Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南这篇文章说的较为详细！