从开发而不是使用的角度再看ATAC分析，虽然只是很常见的分析，但是多了一些特殊的感悟
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ATAC-seq数据中包含了NFR reads和DNA与核小体结合区域的reads，而ATAC-seq主要关注NFR部分的reads，所以不能直接用所有reads进行Peak Calling。一种方式是把NFR reads单独提取出来进行分析；另一种方式是采用shift-extend的方法进行分析，这种方法尝试对Tn5酶切口的末端平滑化事件进行计数（见下图）。第二种方法更为通用，因为这种方法几乎适用所有为ChIP-seq数据开发的Peak Calling软件，并且不受插入片段大小的影响。（注：不过虽然文献是这么说的，但是如果去读它的那个引文，似乎并没有很清楚的解释为何后者更加通用，如果是前者，可以根据120bp分成两部分）
插入片段大小的理论分布为：NFR fragments（<100 bp）、核小体单体（~200 bp）、核小体二聚体（~400 bp）和核小体三聚体（~600 bp），每个位置上都会有对应的特征性的峰分布
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From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com)
果然全面：ATAC-seq分析流程综述全解企业动态丁香通 (biomart.cn)
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