ARTS-DB: 抗生素抗性靶标数据库

文章

标题：ARTS-DB: a database for antibiotic resistant targets
中文：ARTS-DB: 抗生素抗性靶标数据库
杂志：Nucleic Acids Research
时间：2021

摘要

由于耐药细菌的不断进化，迫切需要新的抗生素。抗生素化合物由生物合成基因簇(bgc)编码，主要由细菌产生。随着公开测序基因组数量的指数级增长和BGC预测工具的进步，基因组挖掘算法已经发现了数百万未被识别的BGC，以供进一步评估。由于化合物的识别和表征仍然是一个瓶颈，一个主要的挑战是优先确定有前景的bgc。最近，研究人员采用了基于自我抗性的策略，使他们能够预测由无特征的BGCs编码的天然产物的生物活性。自2017年以来，抗生素耐药靶标导引头(ARTS)促进了所谓的靶标导向基因组挖掘(TDGM)方法，用于对编码潜在新抗生素的BGCs进行优先排序。在这里，我们展示了ARTS数据库，可以在https://arts-db.ziemertlab.com/上找到。ARTS数据库提供了总共7万个基因组和宏基因组组装基因组的预先计算的ARTS结果。高级搜索查询允许用户快速探索TDGM的基本标准，如基本管家基因的BGC邻近性、复制性和水平基因转移。此外，ARTS数据库提供了整个细菌界相互连接的结果，以及与天然产物研究中的已知数据库的链接。

官网：https://arts-db.ziemertlab.com/
似乎只有在线入口，没有公开数据，不好用。

检索界面：https://arts-db.ziemertlab.com/search2/