2021-01-15 基因组注释文件gff3转 gtf格式

这个其实在服务器联网的状态下，操作起来十分简单

首先给服务器安装conda

然后用conda安装gffread

conda install -c bioconda gffread   

安装好之后，一条命令搞定

gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf

反过来也可以

gffread HC.gtf -o HC.gff3

如果没有linux系统，那么可以采用biopython

详见：
https://cloud.tencent.com/developer/article/1727772

pip install bioinfokit

>>> from bioinfokit.analys import gff

>>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3")

服务器联网很重要