2021-01-15 基因组注释文件gff3转 gtf格式

作者: 小郑的学习笔记 | 来源:发表于2021-01-15 09:29 被阅读0次

基因组注释文件(GTF/GFF)格式介绍
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2021-01-15 基因组注释文件gff3转 gtf格式
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关于Hisat2的参考基因组和注释文件
Cufflinks安装与GFF和GTF格式转换
linux--碱基序列处理

这个其实在服务器联网的状态下，操作起来十分简单

首先给服务器安装conda

然后用conda安装gffread

conda install -c bioconda gffread

安装好之后，一条命令搞定


gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf

反过来也可以

gffread HC.gtf -o HC.gff3

如果没有linux系统，那么可以采用biopython

详见：
https://cloud.tencent.com/developer/article/1727772

pip install bioinfokit

>>> from bioinfokit.analys import gff

>>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3")

服务器联网很重要

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python-gffutils 修改gff3文件基因名称
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科研干货 | EMBLmyGFF3——GFF3和EMBL格式转换
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关于Hisat2的参考基因组和注释文件
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Cufflinks安装与GFF和GTF格式转换
安装cufflinks GFF3与GTF格式相互转换
linux--碱基序列处理
从基因注释文件提取基因信息Zea_mays.B73_RefGen_v4.42.gtf gtf格式的注释文件提取...