甲午战争之后，中日签订了不平等的马关条约，结束了清廷在台二百一十一年的统治，台湾自此纪年改元、由此进入日本帝国统治时期。
明治二十九年（1896年），日军由卑南登陆，蹈循陆路由南向北进入东部后山，与外太鲁阁地区展开接触。但太鲁阁族不肯归附于黄军统治之下，同年冬天，旋即发生了日军监视哨被太鲁阁人包围歼灭的“新城事件”，哨所十三名日军全数被斩首。这个事件震惊了日军驻台总督府，也成为日后无数冲突的开端。
明治三十九年（1906年），第五任台湾总督佐久间左马太上任。同年，又发生了包括花莲港支厅长等行政官员在内，共25名日人被太鲁阁人斩首的“威里事件”。自此后，日军本部视太鲁阁人为蛮荒不开化之劣民，发誓要彻底铲除根基，使其臣服黄军脚下。
1914年5月24日，日驻台总督在得到天皇许可后，发动预谋已久的“太鲁阁讨伐之战”，遂向原住民各社发出了“招降谕告”：“盼汝等尽速缴出枪械弹药，表达归顺之诚意，汝等即使抵抗至势尽而向徐山幽谷逃逸，我军亦必穷追不舍，悉予剿灭，无一幸免！”
太鲁阁族人在收到招降书后，迅速集结，最终约有1100名内太鲁阁战士和约1000名约外太鲁阁战士以及250名巴托兰战士组成防御军，合计共2350人，以此来抵御日军的进攻。
而集结起来的日军却有20749人，也就是说，日军兵力为原住民的10倍，另有挑夫近万名，协助日军运输后勤物资、武器弹药以及野外作战用品。
在人数方面，太鲁阁战士已经不占优势，在武器方面，更是处于劣势。日军的武器为步枪、机枪和野战炮，还有两架飞机用于支援。而太鲁阁战士所持有的依旧是传统的弓箭、梭枪、标枪、弯刀和装填火药的猎枪，只有少数几只旧式步枪和少量子弹。这显然是一场弱势对强势、原始对文明的作战。虽如此，太鲁阁那种宁死不屈的血性令人到动容。
日军将部队分成若干支，分别从东西两路夹攻太鲁阁人，一路之上不论男女老幼，悉数杀害，所有房舍全部拆毁；凡是太鲁阁人出行的道路，全部截断，誓要将太鲁阁人围困铲尽。
太鲁阁战士知道自己与日军展开正面冲突的话，无疑是以卵击石，于是采用诱敌深入的游击战术。在日军经过的地方设置陷阱和机关，而后藏在密林之中，用弓箭快速射击后迅速转移。日军被当成野兽一样射杀、捕杀。虽然这些方式即原始又野蛮，但也足以让日军感到毛骨悚然的恐惧，他们时刻提防在看不见的地方射出的冷箭。日本士兵在私下偷偷传言“每一个太鲁阁战士都是神射手，他们的箭会穿透日本人的眼睛。”
日军在剿杀不利后，动用了野战炮，一发发炮弹打入密林之中，燃起火焰。太鲁阁战士想要冲到日军的阵营之中展开近身战，但是却全部倒在日军的子弹之下。
最终，在火炮的狂轰乱炸下，太鲁阁人的家园被焚毁，族人被杀戮，那些英勇的太鲁阁战士除了被杀，就是被俘虏，然后被日本人用武士刀砍下头颅，只有少数战士逃到密林之中，但已无法与日军抗衡。最终，日军凭借先进的武器占领了原住民所有的地盘，他们认为自己的武士刀和枪炮已经让原住民吓破胆。但日本人无论如何也不会想到，就在15年后，由赛德克头目莫那鲁道发动的“雾社事件”让日军再一次见识到了野蛮的骄傲。
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