计算Veen图中的P values

作者: 余绕 | 来源:发表于2023-10-16 15:30 被阅读0次

 phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower.tail = F)

> phyper(900-1, 2800, 20000-2800, 3300, lower.tail = F)
[1] 4.116406e-110

这里的a为A数据集的基因数，b为B数据集的基因数，inter为两者交集的基因数。
这里需要解释的是代码phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower.tail = F)中的20000代表的是背景基因总数，如果是mRNA我这里设置为20000。

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