比较两个fasta文件是否相同

作者: 547可是贼帅的547 | 来源:发表于2019-07-28 16:56 被阅读16次

前言

最近碰到一个需求,比较两个fasta文件的所有序列是否一样,但是其名字无所谓是否相同,于是想了一个比较简单的办法,shell下面直接可以完成。比如有A.fasta和B.fasta两个文件:

思路

1.首先把两个文件进行排序,用sort。
2.然后用grep把fasta的header去掉。
3.最后比较两个处理过的文件的md5。

代码

cat A.fasta | sort | grep -v ">" > 1.tmp
cat B.fasta | sort | grep -v ">" > 2.tmp
md5sum 1.tmp 2.tmp

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