bedtools coverage 和 samtools bed

最近需要将bam文件映射到bed上并统计，一番尝试操作之后发现：
貌似samtools bedcov 和 bedtools coverage都能用，但两者有啥异同点呢？下边就给大家扒一扒

相同点：bedtools bedcov 和 bedtools coverage两个工具都可以对一个BAM的特定基因区域的覆盖深度进行统计

使用的命令行如下：

bedtools coverage -a gene.bed -b sample.bam -d -counts
samtools bedcov gene.bed sample.bam

bedtools得到的结果如下：

chr1 6991 7008 "OR4F5" 61 #from bedtools coverage

samtools得到的结果如下：

chr1 6991 7008 "OR4F5" 4714 #from samtools bedcov

可以看出bedtools给出的覆盖深度是61，samtools给出的覆盖深度是4714，两个之间的差距还是很大的，这其中的原因是什么？

区别：
其实上边问题的原因很简单，
bedtools coverage给出的统计量是目标区域的平均深度。
samtools bedcov给出的统计量是指bed区域内每个碱基深度的加和。如果想要得到实际的平均深度，需要除以bed区域的长度。

最后值得注意的是，samtools bedcov 会忽略标记为duplicates, QC fail等的reads，但bedtools coverage不会。

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