文献笔记六十六：可视化展示blast结果的网页工具Kablamm

论文题目

Kablammo: an interactive, web-based BLAST results visualizer

期刊及发表单位

Bioinformatics
2014
University of Calgary, Canada

工具对应的链接
http://kablammo.wasmuthlab.org/

基本的功能是上传blast的结果，需要是xml格式，以图片的形式展示，比如网站首页给出的示例

image.png

还可以下载svg格式的图片。
而且提供源代码
https://github.com/jwintersinger/kablammo
应该可以整合到自己的网页上，抽时间看看怎么实现

下面用自己的数据试一下这个工具

首先是构建blast的数据库
参考
https://github.com/enormandeau/ncbi_blast_tutorial

makeblastdb -in Contigs_1_Test.fasta -dbtype nucl -out databases/reference

blast比对输出xml格式文件

blastn -db databases/reference -query ../sweet_cherry_cp.fasta -outfmt 5 -out out.xml

网页链接直接加载out.xml就可以看到结果

有时间试试能不能把这个整合到django里

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