收集 | 序列提取工具

1.BED格式相关的提取

bedtools

• 最知名的bed文件相关工具，但是和samtools并非出自一家
• http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
• 更多参看bedtools用法大全：https://www.jianshu.com/p/6c3b87301491

bedops

• 速度比bedtools快
• https://bedops.readthedocs.io/en/latest/index.html

2.提取序列相关

seqtik

• https://github.com/shenwei356/seqkit/releases

seqtk

• https://github.com/lh3/seqtk/releases

bam2fastq

• https://gsl.hudsonalpha.org/information/software/bam2fastq

3.windows提取

TBtools软件

• https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases
• 按照基因id提取等

4.perl脚本:get_fa_by_id.pl

用法：

perl get_fa_by_id.pl id pro.fa >id.fa  # id为geneid，pro.fa为库

script：

use strict;
die "perl $0<id><fa>“>输出目录”\n"unless @ARGV==2;
my($id,$fa)=@ARGV;
open IN,$id||die;
my%ha;
map{chomp;$ha{(split)[0]}=1}<IN>;
close IN;
$fa=~/gz$/?(open IN,"gzip -cd $fa|"||die):(open IN,$fa||die);  
$/=">";<IN>;$/="\n";  
my %out;  
while(<IN>){  
    my $info=$1 if(/^(\S+)/);  
    $/=">";  
    my $seq=<IN>;  
    $/="\n";  
    $seq=~s/>|\r|\*//g;  
print ">$info\n$seq" if(exists $ha{$info} && ! exists $out{$info});  
    $out{$info}=1;  
}  
close IN

更多详细用法请查看简书或者帮助文档！！！