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2021-03-06生信技能树-生信入门D5

2021-03-06生信技能树-生信入门D5

作者: 超级可爱的懂事长鸭 | 来源:发表于2021-03-06 23:02 被阅读0次

生信技能树2021生信入门线上课笔记,需要结合课程讲解服用

1.表格文件读取到R语言是数据框,对数据框进行修改不会同步到表格中
读取--编辑修改--导出
最好不要覆盖原文件,让代码可重复,数据可重现

#读取
read.csv(‘’)#通常读取csv格式
ex1=read.table('ex1.txt',header = T)#通常读取txt格式

ex2=read.csv('ex2_B cell receptor signaling pathway.csv',
             row.names = 1,
             check.names = F)

gse=read.table('GSE32575_series_matrix.txt',
             comment.char = '!',#关闭!开头的注释
             row.names = 1,#第一列为行名
             header = T#第一行为列名)

#直接读取如果失败,需要指定一些参数

#数据框导出为表格文件
write.csv(test,file = 'example.csv')#csv格式,把变量为test的数据框导出为文件名为example的csv文件

报错的原因
1)文件不在工作目录下
2)文件名输入错误
3)默认参数不适用于当前读取的文件

  1. Rdata是R特有的数据存储格式,无法用其他软件打开(.R脚本,.Rdata数据)
    保存的是变量,不是表格文件,不涉及赋值
save(test,file = 'example.Rdata')#保存,file=不能省
load('example.Rdata')#加载

数据读取指南https://www.jianshu.com/p/4ea320c0dcc6

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