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29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分)基因

29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分)基因

作者: 小熊_wh | 来源:发表于2023-06-16 21:35 被阅读0次

    TCGA风险模型类生信文章中,经常会对高低风险组进行16种免疫细胞和13种免疫功能评分的比较,就会用到一个29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分),如下图:
    16种免疫细胞:aDCs(活化的树突状细胞)、B_cells(B细胞)、CD8+_T_cells(CD8+ T 细胞)、DCs(树突状细胞)、iDCs(未成熟的树突状细胞)、Macrophages(巨噬细胞)、Mast_cells(肥大细胞)、Neutrophils(中性粒细胞)、NK_cells(自然杀伤细胞)、pDCs(浆细胞样树突状细胞)、T_helper_cells(辅助性T细胞)、Tfh(滤泡辅助性T细胞)、Th1_cells(Th1辅助细胞)、Th2_cells(Th2 辅助细胞)、TIL(肿瘤浸润淋巴细胞)、Treg(T调节细胞)。

    image.png
    13种免疫功能评分:APC_co_inhibition(抗原呈递细胞公抑制)、APC_co_stimulation(抗原呈递细胞共刺激)、CCR(CC趋化因子受体)、Check-point(检查点)、Cytolytic_activity(细胞溶解活性)、HLA(人类白细胞抗原)、Inflammation-promoting(促炎)、MHC_class_I(主要组织相容性复合体 I类分子)、Parainflammation(副炎症)、T_cell_co-inhibition(T细胞共抑制)、T_cell_co-stimulation(T细胞共刺激)、Type_I_IFN_Reponse(I型干扰素)、Type_II_IFN_Reponse(II型干扰素)
    image.png
    (图片来源:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2023.1171811/full

    但是一般文章都没有提供这个基因列表。2018年一篇文章"(Classification of triple-negative breast cancers based on Immunogenomic profiling)[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6310928/]"中附件1提供了基因集列表。

    image.png
    看看基因集长什么样。 image.png

    基因集下载地址1:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6310928/bin/13046_2018_1002_MOESM1_ESM.xlsx

    基因集下载地址2:
    https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13046-018-1002-1/MediaObjects/13046_2018_1002_MOESM1_ESM.xlsx

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