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python:文本中按行取变量给命令行

python:文本中按行取变量给命令行

作者: 胡童远 | 来源:发表于2021-03-17 15:18 被阅读0次

    如下,分别取第一列,第二列各值作为命令行参数。

    1 文本

    AF34-13 AF34-13 0
    AF67-21pH9TA AF34-13 0
    AF81-08TA AF34-13 0
    AM27-31LB AF34-13 0
    AM49-4BH AF34-13 0
    AM53-13BH AF34-13 0
    AM59-24XD AF34-13 0
    OM05-6BH AF34-13 0
    OM05-9BH AF34-13 0
    OM07-10AC AF34-13 0
    

    2 一行行读取,取值,给命令行

    #!/usr/bin/env python3
    import os, sys, re
    
    num = 1
    with open("melt.txt", 'r') as f:
        for line in f:
            line = line.strip()
            g_1 = re.split(r' ', line)[0]
            g_2 = re.split(r' ', line)[1]
            #print(g_1,g_2)
            command = "fastANI -t 16 -q genome/{}.fna -r genome/{}.fna -o result/{}.txt".format(g_1, g_2, num)
            os.system(command)
            #os.system("cat out.txt >> result.txt")
            print("\033[32m{}\t{}\t{} done...\033[0m".format(num,g_1,g_2))
            num = num + 1
    

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