桑吉气泡图-- KEGG富集气泡图升级版，5维展示富集结果

Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：

名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。

例如：

pathwayenrichmentpvaluecount

RNA transport4.8072586411.56E-0515

Epstein-Barr virus infection4.5692617482.70E-0516

HTLV-I infection3.8146165210.00015324417

Tuberculosis3.4541809410.00035141413

MAPK signaling pathway3.3781315810.00041866716

Neurotrophin signaling pathway3.2121029710.00061361710

Long-term potentiation3.0000352660.0009999197

Dopaminergic synapse2.9670264550.00107888110

Endocytosis2.8413167310.00144106415

Herpes simplex infection2.7752191730.00167795712

                     4维分析结果

做出来的例图如下（微生信平台免费在线做气泡图）

富集气泡图

该图包含的4维信息有：

1.Y轴的通路名（pathway，结果表格的第一列）

2.X轴的富集倍数（enrichment，结果表格的第二列）

[3.点的颜色（P值，结果表格的第三列）

4.点的大小（count，该通路中包含的基因与输入基因列表交集的基因数）。

其中基因的信息就丢失了，那么我们能否将基因的信息也加入到图中呢？答案是肯定的！

让我们先来看看5维的分析结果，以clusterProfiler结果为例：

DescriptionGeneRatiopvaluegeneIDCount

Circadian rhythm0.0140850.010497623RORA/RORB2

NOD-like receptor signaling pathway0.0281690.03303255CASP8/TRIP6/MAPK8/CASP14

PPAR signaling pathway0.0281690.008761306CD36/AQP7/LPL/CYP4A114

Viral myocarditis0.0281690.009484362CASP8/MYH7/SGCB/SGCD4

Hypertrophic cardiomyopathy (HCM)0.0422540.014532337MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A16

Dilated cardiomyopathy0.0422540.020924238MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A16

Osteoclast differentiation0.0492960.034284302LILRB5/MAPK8/FHL2/FCGR1A/IFNGR2/FOS/LILRB37

Phagosome0.0492960.018180176TUBA3D/THBS4/SFTPD/CD36/FCGR1A/TUBA3E/DYNC1I17

Huntington's disease0.0563380.001736229TBPL1/CASP8/VDAC3/CREB5/PPID/CLTB/NDUFA12/GRIN2B8

5维分析结果

根据这里的基因，我们可以在气泡图的基础上，添加一个基因维度，列出基因名字。若下图所示（瞬间眼前一亮有没有） 

升级版的5维富集气泡图

该图左侧为基因，右侧为常规的气泡图。

包含的5维信息有：

1.Y轴的通路名（pathway，结果表格的第一列）

2.X轴的基因ratio（gene ratio，结果表格的第二列）

3.点的颜色（P值，结果表格的第三列）

4.基因名字（结果表格的第四列，图中左侧的桑吉图，连线表示隶属关系）

5.点的大小（count，结果表格的第五列）

秉承一贯简洁的作用，微生信平台支持直接输入数据，就可以做出来这张桑吉气泡图，尝鲜版，赶紧试试吧！

微生信平台桑吉气泡图