CellRanger: count

把测序结果和之前建立的reference进行比对

cellranger count  --id=  --transcriptome=  --fastqs=  --localcores=

1. --id= : 比对结果存放的路径和名称
2. --transcriptome= : 做好的reference存放的路径和名称
3. --fastqs= : 下机数据存放的路径，指向一个文件夹，里面应该存放两个fastq文件，较短的一个是Barcode+UMI，较长的一个是reads
4. --force-cells= : 迫使程序最后保留reads数量排名前这个参数的数量的细胞(barcodes)
5. --chemistry= : 表示建库所用试剂盒版本(V1,V2,V3)和测序类型。默认是“auto”，即软件在运行之前会自行检查。不设置此参数完全不会影响结果。设置次参数的话，如果设置正确，则程序运行和不设置此参数一样；如果设置错误，则程序会报错并且不能运行。
6. --r2-length= : 限制R2的读长，V2的R2读长是98bp，V3的R2读长是91bp。下机后给出的R2读长可能是150bp，cellranger count本身不会默认限制，所以要添加这个参数
7. --localcores= : 运行时使用本设备的CPU核数，默认是使用本设备全部的核，可以通过此参数来限制此软件对本设备计算资源的使用

输入可以是.gz格式或者非压缩格式